Политический деятель, промышленник, член Государственной думы, министр внутренних дел Российской империи. Октябрист.
Дворянского происхождения. В 1890-х гг. — земский, губернский и уездный гласный, почетный мировой судья, уездный предводитель дворянства в Корсунском уезде Симбирской губернии. Действительный статский советник. Председатель союза суконных фабрикантов, член Императорского Географического общества, благотворительных учреждений. Автор трудов в области текстильного производства и крестьянского землевладения.
Член 3-й и 4-й Государственных дум. Отстаивал позиции промышленников.
Основатель и редактор монархической газеты «Русская Воля» (до октября 1917 г.). Со временем отошел от буржуазно-помещичьей оппозиции и стал сторонником жесткой правительственной политики.
Во время революции 1905-1907 гг. проявил активность в борьбе с рабочим движением.
В сентябре 1916 г. назначен управляющим Министерством внутренних дел и главноначальником отдельного корпуса жандармов. 2 декабря — министром внутренних дел. В Думе к Протопопову относились резко враждебно, однако он пользовался поддержкой императора. Ноябрьская сессия Государственной думы выступила за отставку Протопопова. Николай II обещал предоставить отставку, но под давлением императрицы обещание не выполнил.
К началу 1917 г. Протопопов провел ряд мероприятий против рабочего движения, разработал план подавления возможных беспорядков. В начале февраля М.В. Родзянко направлял Николаю II прошение об удалении Протопопова из правительства.
24-25 февраля сообщал в Ставку главнокомандующего, что успешно справляется с беспорядками в Петрограде и что в Москве спокойно.
27 февраля министры пришли к решению удалить Протопопова из кабинета как препятствующего соглашению в Думой. 28 февраля в Таврическом дворце Протопопов задержан, вскоре перемещен в Петропавловскую крепость и привлечен к суду Чрезвычайной следственной комиссией Временного правительства.
После Октябрьской революции объявлен душевнобольным, переведен в лечебницу для нервных больных. Летом 1918 г. препровожден в Москву, в Таганскую тюрьму. Расстрелян в порядке «административного усмотрения» по решению ЧК.